Von Frankreich her drangen gegen Ende des 18. Jahrhunderts die Ideen politischer Neuerungen in die Eidgenossenschaft. Freiheitliche Gedanken machten sich breit, Untertanengebiete kündeten der Obrigkeit den Gehorsam auf. Die Tagsatzung war unfähig, etwas gegen die Neuerungen zu Unternehmen. Bern wurde von den französischen Truppen angegriffen. Die Einsiedler hatten Hilfgruppen zu stellen.
Mit dem Fall Berns war der Weg frei, den eidgenössischen Orten die Helvetische Verfassung aufzuzwingen. Schon zu Beginn des Jahres 1798 hatte Abt Beat Küttel mit den Waldleuten ein Abkommen getroffen, wodurch sie einige Rechte zugestanden erhielten.
Am 18. Februar erklärte Schwyz Einsiedeln frei und dem Alten Lande gleichberechtigung. Schwyz weigerte sich, die Helvetische Verfassung zu beschwören, Frankreich wollte es mit einem kriegerischen Zuge dazu zwingen. Die Einsiedler besetzten unter Pfarrer Marian Herzog den Etzel. Bei Rothenthurm besiegten die Landleute unter Alois von Reding die Welschen. Als es für diese unmöglich wurde, die Schindellegi zu halten, zogen sich die Waldleute vom Etzel zurück. Am 3. Mai besetzten die Franzosen Einsiedeln. Am 17. Mai 1798 erfolgte die formelle Aufhebung des Klosters, der Stiftbesitz wurde als Nationaleigentum erklärt. Die meisten Mönche flohen, Kirche und Kloster wurden geplündert und die Gnadenkapelle niedergelegt. Damit hörte die Wallfahrt nach Einsiedeln auf, und grosse wirtschaftliche Not machte sich bereit, die durch Tragung der Besatzungskosten nur grösser wurde.