Nach dieser ersten Blütezeit des Klosters beginnt jedoch mit dem 13. Jahrhundert in Einsiedeln (wie auch in anderen Klöstern) ein langsamer Niedergang, mitverursacht durch den Übergang des Klosters zu einem hochadeligen Stift, ein Niedergang, der bis ins 16. Jahrhundert anhält.

Die Tätigkeit des eigenen Skriptoriums erlischt; Bücher werden fortan nicht mehr hier geschrieben, sondern auswärts in Auftrag gegeben, gekauft oder kommen als Schenkung ins Kloster.
        
Eine Ausnahme bilden vielleicht die genannten "Schwandencodices", vier Antiphonare, Bücher mit den Gesängen für das Stundengebet, und ein Prozessionale, nach dem Zeugnis des Magisters Rudolph von Radegg kurz vor 1314 auf Veranlassung des Abtes Johannes I. von Schwanden († 1327)geschrieben.
        
Erhalten sind aus dem 13.–16. Jahrhundert 390 Handschriften, von denen allerdings manche viel später (zum Teil erst im 19. Jahrhundert aus den Bibliotheken der Statthaltereien und Propsteien oder durch antiquarischen Kauf) hierher kamen. Genaue Angaben können freilich kaum gemacht werden, weil wir für unsere Bibliothek keinen Bücherkatalog des mittelalterlichen Bestandes besitzen, was eine genauere Rekonstruktion der geschichtlichen Entwicklung im einzelnen verunmöglicht. Eine löbliche Ausnahme in dieser Zeit des allgemeinen kulturellen Niederganges bildet die Zeit um 1330–1350. Der damalige Bibliothekar (thesaurarius) Heinrich von Ligerz († nach 1350), einer der gelehrtesten und belesensten Männer der damaligen Abtei, hatte nämlich die Gewohnheit, in den Handschriften, die er benützte, Hände, Fratzen und Notizen anzubringen, so dass wir noch heute die Weite seines Wissens und seiner literarischen Kenntnisse bewundern können.
        
Zeichen seiner literarischen Tätigkeit finden sich im grössten Teil der damaligen Bücherei, das heisst in ungefähr 130 Handschriften, die P. Gabriel Meier in einem Aufsatz aufgelistet hat. Erwähnt werden muss hier auch der Dekan Albrecht von Bonstetten († um 1505), der als Humanist eine grosse schriftstellerische Tätigkeit entfaltete.